Kiểm tra sau thông quan: Doanh nghiệp cần lưu ý gì để tránh bị truy thu thuế?

Table of Contents

Dưới kỳ kiểm tra sau thông quan, doanh nghiệp không giải trình được với Hải quan sẽ đối mặt truy thu thuế, phạt hành chính, thậm chí bị xử lý hình sự. Nhiều doanh nghiệp xuất nhập khẩu đang gấp rút tìm giải pháp cho kỳ kiểm tra này. Còn doanh nghiệp của bạn thì sao? Bài viết sau sẽ giúp bạn nắm rõ lỗi thường gặp, quy trình và giải pháp thực tiễn từ UNI Customs Consulting.

Bạn có thể tìm hiểu sơ bộ về đối tượng kiểm tra và thời hạn kiểm tra sau thông quan tại bài viết sau:

Đọc thêm >>> Kiểm Tra Sau Thông Quan Là Gì ? Thủ Tục, Thời Gian và Hồ Sơ Cần Chuẩn Bị – UNI Customs Consulting >>>

1.Một số hậu quả có thể xảy ra nếu doanh nghiệp không giải trình được

a. Truy thu thuế và tiền chậm nộp

Truy thu thuế nhập khẩu, thuế GTGT, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có)

Tính tiền chậm nộp: theo tỷ lệ 0.03%/ngày trên số tiền thuế bị truy thu (áp dụng cho từng ngày chậm kể từ ngày lẽ ra phải nộp)

Chủ doanh nghiệp có thể bị tạm dừng xuất cảnh nếu chưa hoàn tất nghĩa vụ thuế và nộp phạt.

Ví dụ:
Một doanh nghiệp bị truy thu 500 triệu đồng, phát sinh sau 180 ngày kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế → tiền chậm nộp có thể lên tới 27 triệu đồng (500tr x 0.03% x 180)

b. Phạt vi phạm hành chính

Áp dụng theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP

Mức phạt: từ 10% đến 20% số tiền thuế truy thu, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm (cố ý hay không cố ý, lần đầu hay tái phạm…)

Ví dụ:

Khai sai mã HS ảnh hưởng đến thuế → bị truy thu và phạt 10–20%
Không cung cấp được C/O phù hợp → truy thu thuế ưu đãi và xử phạt

c. Bị kiểm tra chặt hơn trong tương lai do bị giảm mức độ tuân thủ

Doanh nghiệp bị ghi nhận vi phạm sẽ bị đánh giá có mức độ tuân thủ thấp theo Luật Hải quan 2014. Hệ quả là:

Tăng tần suất bị phân luồng đỏ, kiểm tra thực tế hàng hóa

Bị ưu tiên đưa vào danh sách kiểm tra sau thông quan các năm tiếp theo

Gặp khó khăn khi làm thủ tục ưu đãi (doanh nghiệp ưu tiên AEO, hoàn thuế, miễn thuế…)

Mất cơ hội được xét duyệt doanh nghiệp ưu tiên (AEO) trong ít nhất 2 năm

d. Trường hợp nghiêm trọng: Có thể bị xử lý hình sự

Chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra nếu số tiền trốn thuế từ 100 triệu đồng hoặc tái phạm

Xử lý hình sự theo Điều 188 – Tội trốn thuế với mức phạt:

Phạt tiền đến 1 tỷ đồng

Phạt tù từ 3 tháng đến 7 năm (tùy mức độ vi phạm)

Cấm đảm nhiệm chức vụ, hành nghề từ 1-5 năm

2. Những lỗi vi phạm phổ biến doanh nghiệp thường gặp phải:

Trong hơn 8 năm kinh nghiệm tư vấn và hỗ trợ doanh nghiệp xuất nhập khẩu vượt qua các kỳ kiểm tra sau thông quan, chúng tôi đã tổng hợp lại các lỗi vi phạm mà doanh nghiệp thường xuyên mắc phải. Dưới đây là các lỗi vi phạm phổ biến:

a. Các vấn đề liên quan đến quản lý nguyên liệu gia công, sản xuất xuất khẩu, DNCX

Sai báo cáo quyết toán

Khai báo sai định mức thực tế

Không tách nguồn nguyên liệu

Không khớp mã khai báo và mã nội bộ

Sử dụng sai mục đích nguyên liệu gia công, SXXK

b. Nhóm các vấn đề về hồ sơ, giấy tờ và chứng từ:

Thiếu hồ sơ C/O, bị bác bỏ C/O (Chứng nhận xuất xứ)

Thiếu giấy phép nhập khẩu

Thiếu hồ sơ nhập khẩu hóa chất có điều kiện, hóa chất hạn chế kinh doanh, tiền chất công nghiệp

Thiếu giấy kiểm tra chất lượng

Thiếu các giấy phép PCCC, báo cáo tác động môi trường

c. Nhóm các vấn đề về khai báo:

Khai sai mã HS (mã phân loại hàng hóa)

Không khai báo hóa chất

Kê khai sai tờ khai

Xác định sai trị giá hải quan

d. Một số vấn đề phổ biến khác:

Lỗi trong kê khai thuế xuất nhập khẩu và các loại thuế liên quan

Sai sót trong quy trình kiểm tra và giám sát của doanh nghiệp

Không lưu trữ đầy đủ chứng từ theo quy định (thường là 5 năm)

Vướng mắc trong việc áp dụng ưu đãi thuế theo các hiệp định thương mại

3. Những khó khăn khiến doanh nghiệp “khó” ứng phó với cơ quan Hải quan

Ngoài ra, từ kinh nghiệm tư vấn với nhiều doanh nghiệp, chúng tôi nhận thấy đây là các vướng mắc khiến doanh nghiệp gặp khó khăn, gây cản trở việc “tự kiểm tra” và giải trình hiệu quả.

a. Không hiểu rõ quy trình Kiểm tra sau thông quan

Làm việc tại trụ sở doanh nghiệp hay tại Chi cục Hải quan?

Có bắt buộc phải ký biên bản từng ngày làm việc?

Khi nào cần phản hồi bằng văn bản? Khi nào có quyền yêu cầu làm rõ?

b. Công ty không biết rõ nội dung kiểm tra gồm những gì?

Doanh nghiệp chỉ nhìn thấy dòng chữ “kiểm tra sau thông quan” trên thông báo và hoang mang, không rõ phạm vi kiểm tra là toàn bộ các vấn đề của doanh nghiệp hay chỉ kiểm tra theo chuyên đề (HS Code, trị giá, C/O…).

c. Thiếu kiến thức chuyên môn để giải trình

Không hiểu cách thức liên kết số liệu giữa các bộ phận

Hiểu sai về mối quan hệ giữa Invoice và chứng từ thanh toán quốc tế

Không nắm rõ các quy định pháp luật Hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, v,v

Không nắm rõ các nguyên tắc về phân loại mã HS, khai báo và nhập khẩu hóa chất, v.v

Không biết quy định về lưu trữ, quản lý hồ sơ phục vụ KTSTQ theo Luật Hải quan và Thông tư 38/2015 (và sửa đổi 39/2018)

d. Thiếu kiến thức pháp lý để đàm phán, khiếu nại về mức xử phạt

Thiếu hiểu biết về cách xác định hành vi vi phạm, mức độ vi phạm, mức phạt vi phạm theo quy định

Thiếu hiểu biết về nguyên tắc xử phạt vi phạm hành chính dẫn tới phải nộp phạt nhiều hơn so với mức phạt theo quy định.

e. Khó phân biệt đâu là “hợp lệ”, đâu là “rủi ro” trong hồ sơ

Định mức sản xuất tự xây dựng nhưng không có cơ sở rõ ràng.

Một số hóa đơn đầu vào mất, hoặc chứng từ thanh toán không trùng với invoice.

Trị giá khai báo “tham khảo từ đối tác” nhưng không đủ căn cứ.

NHẬN TƯ VẤN NGAY TẠI ĐÂY →

4. Lưu ý giúp doanh nghiệp vượt qua kiểm tra sau thông quan thuận lợi

a. Danh sách hồ sơ mà doanh nghiệp cần chuẩn bị

Nhóm hồ sơ	Hồ sơ cụ thể
Chứng từ liên quan đến xuất nhập khẩu	Báo cáo chi tiết hàng hóa tờ khai xuất nhập khẩu, Danh sách tờ khai hủy, …
Quản lý kho và vật tư	Chi tiết nhập, xuất kho NVL, Chi tiết nhập, xuất kho TP,
Kế toán và Tài chính	Kết xuất dữ liệu chi tiết sổ phát sinh của các tài khoản kế toán,…
Sản xuất và gia công	Các chứng từ liên quan đến xử lý tiêu hủy/thay đổi mục đích sử dụng,…
Kiểm tra, thanh tra	Báo cáo quyết toán, các quyết định thanh tra, kiểm tra,….

📥 Điền form dưới đây để nhận bộ hồ sơ chi tiết

Họ và tên

Tên doanh nghiệp

Quốc gia/Khu vực

Số điện thoại

Chọn dịch vụ

Ghi chú

Tôi muốn nhận bản tin và cập nhật từ UNI

Lưu ý: Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bản gốc, bản sao chứng từ, sắp xếp theo thứ tự và phân loại rõ ràng để kiểm tra thuận tiện. Chuẩn bị kỹ giúp làm việc suôn sẻ, hiệu quả với đoàn kiểm tra.

b. Quy trình kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp

Đây là hình thức kiểm tra được thực hiện trực tiếp tại cơ sở của doanh nghiệp, cho phép cơ quan hải quan đánh giá toàn diện hồ sơ, chứng từ và thực tế hoạt động. Quy trình kiểm tra gồm các bước sau:

Thông báo kiểm tra: Cơ quan hải quan gửi thông báo bằng văn bản trước ít nhất 05 ngày làm việc về thời gian và nội dung kiểm tra.

Ban hành quyết định kiểm tra: Tại buổi làm việc đầu tiên, đoàn kiểm tra sẽ công bố Quyết định kiểm tra sau thông quan và phổ biến mục đích, phạm vi, thời gian kiểm tra.

Đại diện doanh nghiệp: Doanh nghiệp cử đại diện có thẩm quyền và các cá nhân phụ trách liên quan (kế toán, xuất nhập khẩu, kho, sản xuất) làm việc trực tiếp với đoàn kiểm tra.

Thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp:

- Rà soát, đối chiếu hồ sơ, chứng từ hải quan, kế toán.

- Kiểm tra thực tế kho bãi, quy trình sản xuất, phòng ban liên quan để xác minh thông tin và dữ liệu.

- Kiểm tra, thu thập dữ liệu từ các bộ phận: Kế toán, Xuất nhập khẩu, Kho vận, Sản xuất.

Lập biên bản kiểm tra: Sau khi hoàn tất các nội dung kiểm tra, đoàn kiểm tra sẽ lập biên bản ghi nhận kết quả và các phát hiện.

Ban hành kết luận và xử lý: Cơ quan hải quan ban hành Kết luận kiểm tra, và tiến hành xử lý vi phạm (nếu có) theo quy định pháp luật.

5. Đồng Hành Cùng Doanh Nghiệp Vượt Qua Kiểm Tra Sau Thông Quan – Giải Pháp Toàn Diện Từ UNI Customs Consulting

UNI Customs Consulting đồng hành cùng doanh nghiệp từ chuẩn bị hồ sơ đến hoàn tất kiểm tra sau thông quan, đảm bảo tuân thủ và minh bạch. Chúng tôi tự tin với phương pháp tiếp cận hai giai đoạn, giúp doanh nghiệp vượt qua kỳ kiểm tra hiệu quả nhất.

a. Hỗ Trợ Chủ Động: Kiểm Tra Trước Khi Bị Kiểm Tra (Pre-audit Assessment)

Tiếp nhận và phân tích toàn bộ dữ liệu nghiệp vụ liên quan.

Hỗ trợ doanh nghiệp hoàn thiện và sắp xếp hồ sơ, chứng từ còn thiếu hoặc chưa hợp lệ.

Thực hiện mô phỏng kiểm tra chi tiết theo tiêu chuẩn hải quan, bao gồm:

Rà soát Báo cáo quyết toán.

Rà soát sổ theo dõi hồ sơ, dữ liệu của doanh nghiệp

Cung cấp báo cáo chi tiết về các vấn đề phát hiện, nguyên nhân gốc rễ và đề xuất giải pháp khắc phục toàn diện.

Điều này giúp doanh nghiệp nâng cao sự tự tin khi đối mặt với cuộc kiểm tra thực tế, đồng thời giảm thiểu tối đa rủi ro về truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính.

b. Hỗ Trợ Phản Ứng: Trong và Sau Khi Nhận Thông Báo Kiểm Tra của Hải Quan

Phân tích nội dung kiểm tra.

Xác định các rủi ro của doanh nghiệp.

Tư vấn xây dựng kế hoạch hành động cụ thể:

Xây dựng luận cứ giải trình thuyết phục và phù hợp với quy định.

Hướng dẫn chuẩn bị và sắp xếp tài liệu chứng minh một cách khoa học.

Hướng dẫn cho đại diện doanh nghiệp về kỹ năng và kinh nghiệm làm việc

Với hơn 9 năm kinh nghiệm, UNI đã hỗ trợ 20 doanh nghiệp FDI, gia công, chế xuất giải trình thành công, giảm thiểu thiệt hại tài chính. Chúng tôi trực tiếp làm việc với cả Cục Hải quan (60%) và Chi cục địa phương (40%), tích lũy kinh nghiệm thực tiễn. Hơn 80% khách hàng tiếp tục gia hạn hợp đồng và chọn UNI làm đối tác chiến lược lâu dài. Đây là minh chứng rõ ràng cho chất lượng dịch vụ kiểm tra sau thông quan vượt trội của chúng tôi.

Một Số Vấn Đề Phức Tạp UNI Đã Giải Quyết Thành Công:

Giải trình chênh lệch số liệu giữa thực tế và hồ sơ

Giải trình hồ sơ chứng nhận xuất xứ (C/O)

Giải trình mã HS của hàng hóa nhập khẩu

👉 Xem chi tiết các case study thực tế UNI đã giải quyết

KIỂM TRA SAU THÔNG QUAN CÓ THỂ KHIẾN BẠN MẤT HÀNG TỶ ĐỒNG!

Chỉ một sai sót nhỏ cũng có thể khiến doanh nghiệp bạn bị truy thu, phạt đến hàng tỷ đồng. Kỳ kiểm tra lần này có thể là “cú đánh mạnh” vào tài chính nếu không chuẩn bị kịp thời. Liên hệ UNI ngay hôm nay để bảo vệ doanh nghiệp bạn trước khi quá muộn!

📥 Để nhận danh sách hồ sơ cần chuẩn bị miễn pìm hiểu thêm về dịch vụ hỗ trợ kiểm tra sau thông quan, hãy liên hệ với UNI ngay tại form dưới đây!