Ngày 24/09/2026, Cục Thuế đã tổ chức Hội nghị giải quyết khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), với sự tham gia của nhiều hiệp hội doanh nghiệp lớn như KOCHAM, AMCHAM và EUROCHAM. Hội nghị đã đạt được nhiều kết quả đáng ghi nhận.
UNI CUSTOMS CONSULTING đã cử đại diện tham dự và xin tổng hợp những nội dung đáng chú ý dưới đây.
1. Hoàn thuế đối với tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ
a. Tờ khai thông quan trước ngày 01/07/2025
Vướng mắc trong việc xác định tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan hay chưa, cũng như điều kiện “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”, đã được Cục Hải quan tháo gỡ tại Công văn số 19956/CHQ-GSQL ngày 06/08/2026.
Theo đó, Cục Hải quan khẳng định:
- Trước ngày 01/07/2025, không có cơ sở pháp lý để xác định điều kiện thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam;
- Các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đã thông quan trước ngày 01/07/2025 được coi là đã hoàn thành thủ tục hải quan;
- Cục Hải quan đề nghị Cơ quan thuế các tỉnh, thành phố căn cứ các tờ khai đã hoàn thành thủ tục hải quan để xem xét hoàn thuế theo quy định.
Trên cơ sở ý kiến của Cục Hải quan, Cục Thuế đã ban hành các văn bản yêu cầu cơ quan thuế địa phương thực hiện hoàn thuế theo đúng hướng dẫn nêu trên, gồm:
- Công văn số 6083/CT-QLNT ngày 20/08/2026 gửi Thuế tỉnh Tây Ninh;
- Công văn số 6175/CT-QLNT ngày 22/08/2026 gửi Thuế tỉnh Bắc Ninh;
- Công văn số 6825/CT-QLNT ngày 15/09/2026 gửi cơ quan thuế các tỉnh, thành phố.
b. Tờ khai thông quan từ ngày 01/07/2025
Điều 47a (được bổ sung tại khoản 3 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15) đã tháo gỡ điểm nghẽn pháp lý về xuất nhập khẩu tại chỗ. Theo đó, pháp luật không còn yêu cầu điều kiện thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam, mà chỉ cần có yếu tố “chỉ định của thương nhân nước ngoài”.
Doanh nghiệp và cơ quan thuế căn cứ quy định này để thực hiện thủ tục hải quan và thủ tục hoàn thuế.
2. Hoàn thuế đối với hàng xuất khẩu qua kho ngoại quan
Hiện vẫn còn vướng mắc trong việc xác định hai điều kiện: “xuất khẩu cho tổ chức trong khu phi thuế quan” và “tiêu dùng trong khu phi thuế quan”.
Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024 quy định:
“1. Mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ sau đây:
(…)
b) Dịch vụ xuất khẩu bao gồm: dịch vụ cung cấp trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; dịch vụ cung cấp trực tiếp cho tổ chức ở trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu;”
Kho ngoại quan đáp ứng quy định về khu phi thuế quan, do đó thỏa mãn điều kiện “xuất khẩu cho tổ chức trong khu phi thuế quan”. Tuy nhiên, hiện chưa có quy định pháp lý xác định thế nào là “tiêu dùng trong khu phi thuế quan”. Vì vậy, vấn đề này cần tiếp tục được lấy ý kiến hướng dẫn của các cơ quan có thẩm quyền.
Khuyến nghị từ Cục Thuế: Trong thời gian chờ hướng dẫn thống nhất, doanh nghiệp nên lưu giữ đầy đủ chứng từ nhập kho, xuất kho, mục đích sử dụng, thông tin người nhận hàng và luồng vận chuyển thực tế; tránh chỉ dựa vào tên địa điểm giao hàng để kết luận đủ điều kiện hoàn thuế.
3. Hoàn thuế đối với gỗ chỉ qua sơ chế thông thường
Tại Hội nghị, Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam phản ánh việc các tỉnh, thành phố hiện đang có cách hiểu khác nhau về tiêu chí “sơ chế thông thường” đối với gỗ xẻ.
Về vấn đề này, Cục Thuế đã ban hành Công văn số 7021/CT-QLNT ngày 22/09/2026, theo đó: mặt hàng gỗ tròn, thanh gỗ đã qua công đoạn cưa, xẻ theo quy cách, chưa qua công đoạn bào trơn, ngâm tẩm hóa chất bảo quản và sấy, được xác định là sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường theo khoản 1 Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 84/2025/TT-BNNMT của Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Mặt hàng này thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu sản xuất bán ra và khâu nhập khẩu.
Riêng tại Đồng Nai, Thuế tỉnh Đồng Nai đã ghi nhận cả trường hợp gỗ tròn đã qua cưa, xẻ đúng quy cách, được ngâm tẩm hóa chất bảo quản và sấy cũng được xác định là sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường.
Lưu ý: Trường hợp chưa xác định được mặt hàng có thuộc diện sơ chế thông thường hay không, doanh nghiệp nên liên hệ Bộ Nông nghiệp và Môi trường để được xác định.
BẠN CẦN HỖ TRỢ?
Nếu doanh nghiệp đang gặp vướng mắc về hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất nhập khẩu tại chỗ, hàng qua kho ngoại quan hay mặt hàng nông, lâm sản sơ chế, hãy liên hệ UNI CUSTOMS CONSULTING. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẵn sàng rà soát hồ sơ, đánh giá rủi ro và đồng hành cùng doanh nghiệp trong suốt quá trình làm việc với cơ quan thuế, hải quan.