Ngày 08/05/2024, Chi cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh (nay là Chi cục Hải quan Khu vực II) đã có văn bản đề nghị hướng dẫn liên quan đến việc xử lý tiền thuế VAT nhập khẩu nộp thừa. Trên cơ sở các quy định pháp luật hiện hành, Cục Hải quan đã có phản hồi cụ thể, hướng dẫn rõ trình tự xử lý trong cả hai trường hợp: bù trừ nghĩa vụ thuế và hoàn trả khoản nộp thừa, đồng thời nêu rõ trách nhiệm phối hợp giữa các cơ quan liên quan.
1. Căn cứ pháp lý:
Việc xử lý tiền thuế VAT nhập khẩu nộp thừa được thực hiện theo:
- Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14: Cho phép người nộp thuế được đề nghị hoàn trả hoặc bù trừ đối với khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
- Điều 131.3 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Điều 1.64 Thông tư số 39/2018/TT-BTC: Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
- Điều 132.4 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Điều 1.65 Thông tư số 39/2018/TT-BTC: Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn.
- Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC: Hướng dẫn riêng đối với trường hợp hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu.
2. Trình tự xử lý đối với tiền thuế VAT nộp thừa:
- Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ:
- Có thể bù trừ vào các khoản nghĩa cụ thuế đang phát sinh hoặc tương lai nếu chưa quá thời hiệu theo quy định.
- Doanh nghiệp sẽ không bị tính tiền chậm nộp trong thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến khi cơ quan hải quan thực hiện bù trừ.
(Điều 60.1 Luật Quản lý thuế 2019).
- Trường hợp người nộp thuế đề nghị hoàn trả:
- Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản nộp thừa sẽ thực hiện kiểm tra, xác minh.
- Ra Quyết định hoàn thuế và gửi Lệnh hoàn tới Kho bạc Nhà nước để hoàn trả hoặc ra thông báo lý do không hoàn trả, trong vòng 5 ngày theo quy định tại.
- Thông báo kết quả hoàn thuế cho người nộp thuế bằng mẫu số 09/QĐHT/TXNK; nếu không đủ điều kiện hoàn thì thông báo theo mẫu số 12/TBKT/TXNK tại Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư 38/2015/TT-BTC.
- Đồng thời, cung cấp thông tin cho cơ quan thuế nội địa để cập nhật nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.
(Điều 132.4 Thông tư số 38/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung tại Điều 1.65 Thông tư số 39/2018/TT-BTC)
3. Trách nhiệm của Cơ quan hải quan
Cơ quan Hải quan nơi xử lý thuế VAT nhập khẩu nộp thừa sẽ:
- Gửi Quyết định hoàn thuế và phối hợp với Kho bạc Nhà nước để hoàn trả số tiền thuế nộp thừa.
- Thông báo cho cơ quan thuế nội địa để theo dõi, đôn đốc người nộp thuế kê khai điều chỉnh và thực hiện nghĩa vụ thuế (nếu có).
- Đồng thời, thông báo cho người nộp thuế để thực hiện điều chỉnh trên tờ khai thuế VAT.
(Theo Công văn số 15428/CHQ-NVTHQ ngày 21 tháng 07 năm 2025)
Các dịch vụ liên quan: Thông quan hàng hóa
📞 Liên hệ UNI Customs Consulting để được tư vấn miễn phí
📧 Email: uni@eximuni.com
📱 Hotline: +(84) 908-535-898 (Vietnamese) | +(84) 902-927-767 (Korean)